Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu letos v únoru obrátil naruby víc než desetiletou praxi: když finanční úřad nestihne v časové lhůtě rozhodnout, nadměrný odpočet DPH se plátci už automaticky nepřizná. Peníze si musí vybojovat v civilním řízení o náhradu škody. Co změna přinese podnikatelům, státu i soudům?
Od nálezu Ústavního soudu z roku 2011 (sp. zn. I. ÚS 3244/09) platilo, že pokud finanční úřad neukončí nalézací řízení v zákonné lhůtě, považuje se daň za „konkludentně“ stanovenou a plátci se vyplatí požadovaná částka, typicky nadměrný odpočet DPH. Cílem bylo, aby poplatník nedoplácel na nečinnost státu. sbirka.nssoud.cz
Rozhodnutím rozšířeného senátu NSS sp. zn. 1 Afs 231/2022‑44 ze dne 12. března 2025 se tento princip ruší. Po uplynutí lhůty již „nelze daň stanovit – ani v neprospěch, ani ve prospěch poplatníka“. Nárok se tak přesouvá do civilního procesu podle zákona o odpovědnosti za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci. EY US
Co se mění v praxi
- Konec automatických přeplatků
- Finanční správa už po lhůtě nevyplatí „nespornou“ část DPH.
- Finanční správa už po lhůtě nevyplatí „nespornou“ část DPH.
- Nová povinnost žalovat stát
- Poplatník musí podat žalobu na náhradu škody u civilního soudu.
- Poplatník musí podat žalobu na náhradu škody u civilního soudu.
- Delší a dražší cesta
- Dvojí řízení (daňové + civilní) znamená další právní služby, soudní poplatky, možné znalecké posudky i úroky z prodlení.
- Dvojí řízení (daňové + civilní) znamená další právní služby, soudní poplatky, možné znalecké posudky i úroky z prodlení.
- Cash‑flow riziko
- Peníze zůstávají státu často několik let, což zvlášť malé firmy může existenčně ohrozit.
- Peníze zůstávají státu často několik let, což zvlášť malé firmy může existenčně ohrozit.
- Odpovědnost státu
- Úspěšné žaloby mohou i s úroky výrazně prodražit státní rozpočet; motivují však úřady pracovat bez průtahů.
- Úspěšné žaloby mohou i s úroky výrazně prodražit státní rozpočet; motivují však úřady pracovat bez průtahů.
Pozitiva nové úpravy
Právní čistota | Logicky navazuje na zásadu, že po prekluzi už daň nelze stanovovat – ani mínusem.
Motivace k rychlejší činnosti úřadů | Hrozba nákladných žalob má přinutit správce daně hlídat si termíny.
Jasnější hranice pro prekluzi | Výklad NSS sjednocuje rozpornou judikaturu posledních let a vrací přehlednost do sporu o běh lhůt.
Motivace k rychlejší činnosti úřadů | Hrozba nákladných žalob má přinutit správce daně hlídat si termíny.
Jasnější hranice pro prekluzi | Výklad NSS sjednocuje rozpornou judikaturu posledních let a vrací přehlednost do sporu o běh lhůt.
Negativa a rizika
Negativní přínos pro firmy a stát
Zvýšení nákladů justice | Civilní soudy dostanou stovky nových žalob, na které nejsou kapacitně připraveny.
Cash‑flow výpadek hlavně u SME | DPH je pro malé firmy často „levným úvěrem“. Nový režim může řadu z nich zatlačit do bankovních overdraftů.
Potenciální otupení tlaku na úřady | Paradoxně může část správců daně ztratit motivaci konat včas, když už jim za zmeškanou lhůtu nehrozí povinnost peníze vyplatit.
Zvýšení nákladů justice | Civilní soudy dostanou stovky nových žalob, na které nejsou kapacitně připraveny.
Cash‑flow výpadek hlavně u SME | DPH je pro malé firmy často „levným úvěrem“. Nový režim může řadu z nich zatlačit do bankovních overdraftů.
Potenciální otupení tlaku na úřady | Paradoxně může část správců daně ztratit motivaci konat včas, když už jim za zmeškanou lhůtu nehrozí povinnost peníze vyplatit.
Jak se bránit a co hlídat
- Evidence všech úkonů
- Pečlivě archivujte doručenky, zápisy z kontrol a veškerou korespondenci – bude klíčová v civilním sporu.
- Pečlivě archivujte doručenky, zápisy z kontrol a veškerou korespondenci – bude klíčová v civilním sporu.
- Aktivní procesní obrana
- Při první známce průtahu podávejte stížnosti podle § 261 daňového řádu, žádejte přiznání úroku z prodlení a log aktivních kroků úřadu.
- Při první známce průtahu podávejte stížnosti podle § 261 daňového řádu, žádejte přiznání úroku z prodlení a log aktivních kroků úřadu.
- Posudek škody už během řízení
- Nečekejte na promlčení: počítejte úroky a náklady, připravte ekonomický rozbor cash‑flow dopadu.
- Nečekejte na promlčení: počítejte úroky a náklady, připravte ekonomický rozbor cash‑flow dopadu.
- Zvažte předžalobní výzvu
- Ministerstvo financí někdy odškodní dobrovolně, pokud je důkazní situace jednoznačná (ochránce práv již potvrdil úspěšné případy).
- Ministerstvo financí někdy odškodní dobrovolně, pokud je důkazní situace jednoznačná (ochránce práv již potvrdil úspěšné případy).
- Alternativní financování
- U vysokých částek je možné využít litigation‑funding nebo factoring sporných pohledávek, aby firma nečekala na výsledek letitého sporu.
- U vysokých částek je možné využít litigation‑funding nebo factoring sporných pohledávek, aby firma nečekala na výsledek letitého sporu.
Co bude dál?
- Legislativní reakce? – Ministerstvo financí může čelit tlaku podnikatelských svazů na úpravu daňového řádu a zavedení „zrychleného“ odškodňovacího mechanismu.
- Metodické pokyny GFŘ – Finanční správa slíbila novou metodiku k běhu prekluzivních lhůt do léta 2025.
- První žaloby – Průlomové rozsudky civilních soudů ukážou, zda se skutečně vyplatí bojovat; verdikt ochránce práv naznačuje, že šance tu je.
Rozhodnutí NSS dává státu silnější pozici proti nevyjasněným či fiktivním nárokům, ale zároveň přehazuje důkazní i finanční břemeno na podnikatele. „Konec daňových úniků“ z titulu marné lhůty možná skutečně přijde, ovšem za cenu složitějších a dražších sporů – a hlavně za cenu likvidity firem, které si DPH nárokují poctivě. Jak se v novém prostředí neztratit? Klíčové je nenechat se uspat průtahy, hlídat termíny a být připraven vést druhé kolo boje na civilním soudě.
(V článku byly využity veřejně dostupné informace z databáze rozhodnutí NSS a z Tax Alertu EY k rozsudku 1 Afs 231/2022‑44.)
Prohřešky, které si zaslouží článek, můžete hlásit na anticorruptionhotline.com nebo na protikorupcnilinka.cz.
