Po odvolání Ivana Bartoše z vlády se Piráti rozhodli opustit koalici. Přesto však Jan Lipavský, dosavadní ministr zahraničí, zůstává na svém postu jako nestraník, což vyvolalo ostrou kritiku uvnitř strany.
Poté, co prezident Petr Pavel schválil návrh premiéra Petra Fialy na odvolání Ivana Bartoše z pozice vicepremiéra a ministra pro místní rozvoj, Pirátská strana oznámila svůj odchod z vládní koalice. K odchodu strany se přiklonilo více než 79 % členů, kteří se zúčastnili online hlasování. Překvapením pro mnohé však bylo rozhodnutí Jana Lipavského, který i přes svou dřívější příslušnost k Pirátům zůstává na postu ministra zahraničí, nyní jako nestraník.
Premiér Petr Fiala uvedl, že rozhodnutí o odvolání Ivana Bartoše bylo způsobeno nespokojeností s pokrokem v digitalizaci stavebního řízení. Tento krok Piráty rozhořčil, přičemž předseda strany Ivan Bartoš prohlásil, že vyloučení předsedy strany z vlády bez osobního jednání je nepřijatelné. „Když vyhodíte z vlády předsedu strany po telefonu, strana nemůže reagovat jinak,“ uvedl Bartoš.
Piráti původně předpokládali, že jejich ministři, včetně Jana Lipavského, podají demisi společně. Lipavský dokonce svou demisi premiérovi předložil, avšak Fiala ji nepřijal a požádal Lipavského, aby zůstal ve vládě jako nestraník. Tento krok však uvnitř Pirátů vzbudil vlnu kritiky.
„Tak čauky mňauky, Honzo. Děkuji za tvou práci na ministerstvu zahraničí, ale vnitrostranické působení raději nekomentuji,“ napsal na pirátském fóru pardubický člen strany Andrej Ramašeuski, čímž vyjádřil svůj nesouhlas s Lipavského rozhodnutím. Další členové strany se k němu připojili s podobnými pocity. „Lidsky mě to opravdu štve, že odcházíš v takto klíčovém okamžiku,“ komentoval situaci zastupitel Prahy 8 Martin Štěrba.
Mezi členy Pirátů ale zazněly i smířlivější hlasy. Místopředseda strany v Královéhradeckém kraji Filip Jiroušek vyjádřil Lipavskému podporu a vzkázal, že i přes odchod ze strany doufá, že bude pokračovat v prosazování liberálních a centristických hodnot.
Rozhodnutí Jana Lipavského zůstat ve vládě jako nestraník rozděluje nejen Piráty, ale i veřejnost. Piráti vnímají jeho krok jako ztrátu jednoho z klíčových členů a cítí, že byl podražen. Lipavský však argumentuje svou důležitou rolí na mezinárodním poli a nutností zachovat kontinuitu v české zahraniční politice.